Vào lễ kỷ niệm một thế kỷ ngày đầu tiên treo quốc kỳ, vào 3 tháng 9 năm 2001, Hiệp hội Quốc kỳ Úc trình lên Thủ tướng một hiệu kỳ với mục đích để thay thế hiệu kỳ nguyên bản bị thất lạc. Hiệu kỳ này không phải là một bản sao của hiệu kỳ nguyên bản khi sao Thịnh vượng chung chỉ có sáu cánh, mà là một Quốc kỳ Úc hiện tại với một sao Thịnh vượng chung bảy cánh. Hiệu kỳ có một dải buộc đầu đặc biệt,[74] gồm một sọc đỏ thắm và câu viết

Hiệu kỳ thế kỷ. Trình lên Thủ tướng Úc John Howard nhân danh dân chúng Úc bởi Hiệp hội Quốc kỳ Úc vào ngày 3 tháng 9 năm 2001 tại Tòa nhà Triển lãm Vương thất, Melbourne để kỷ niệm lần đầu tiên treo Quốc kỳ Úc vào 3 tháng 9 năm 1901 với sự tham dự của Thủ tướng Úc Edmund Barton.[74]

Một lệnh cho phép sử dụng Hiệu kỳ Thế kỷ theo điều 6 của Đạo luật các Hiệu kỳ được Toàn quyền ban hành và hiệu kỳ nay được sử dụng làm hiệu kỳ chính thức trong các dịp quan trọng.[75] Chúng bao gồm khai mạc Quốc hội khóa mới và khi các nguyên thủ quốc gia đến thăm.[76] Hiệu kỳ này được vận chuyển toàn quốc để treo tại mọi bang và lãnh thổ. Sau đó nó được sử dụng vào ngày Hồi tưởng năm 2003 để khánh thành Đài kỷ niệm Chiến tranh Úc tại Hyde Park, Luân Đôn.[76]